Ο Παναγιώτης Μάργαρης σπούδασε Κλασική Κιθάρα στο Ωδείο Αττικής και στο Εθνικό Ωδείο, παίρνοντας Δίπλωμα με Άριστα Παμψηφεί και Α' Βραβείο.
Παράλληλα ασχολείται με τη σύνθεση και την ενορχήστρωση. Ως συνθέτης έχει ηχογραφήσει τρεις προσωπικούς δίσκους.
Το 1999 ξεκίνησε να ηχογραφεί με τον Νότη Μαυρουδή τη δισκογραφική σειρά Café de l'art. Οι δίσκοι με τίτλο Café de l'art IV - Cinema και Café de l'art V - Τσιτσάνης – Βαμβακάρης, απέσπασαν το “Βραβείο Καλύτερου Ορχηστρικού Δίσκου της Χρονιάς” στα Μουσικά Βραβεία “Αρίων”, με τις συνολικές πωλήσεις της δισκογραφικής αυτής σειράς να έχουν ξεπεράσει τα 100.000 αντίτυπα.
Ως κιθαριστής και συνθέτης έχει πραγματοποιήσει πάνω από 1500 συναυλίες στην Ελλάδα και το εξωτερικό. Σημαντική στιγμή στην καριέρα του είναι η συμμετοχή του διάσημου κιθαριστή, Al Di Meola, στη δισκογραφική δουλειά με τίτλο Duende και η συνύπαρξή τους επί σκηνής.
Το 2011 συναντήθηκε με τον Λαυρέντη Μαχαιρίτσα σε εμφανίσεις σε Ελλάδα, Αγγλία, Βέλγιο, Λουξεμβούργο και Κύπρο. Το 2013 κυκλοφόρησε η δισκογραφική του δουλειά Rock of my soul, όπου διασκεύασε και ερμήνευσε στην κιθάρα ιστορικά rock τραγούδια. Το 2014 ταξίδεψε στην Ελλάδα παρουσιάζοντας το Rock of my soul σε σημαντικούς χώρους, με ερμηνευτές τους Λαυρέντη Μαχαιρίτσα, Μιλτιάδη Πασχαλίδη, Δήμητρα Παπίου, Ανδριάνα Μπάμπαλη, Ελένη Πέτα, Ελένη Δήμου, Θανάση Γκαïφύλλια κ.α.
Τον Δεκέμβριο του 2014 κυκλοφόρησε το άλμπουμ του Με τη μαγεία της κιθάρας, που περιλαμβάνει διασκευές του σε μουσικές από όλο τον κόσμο και σε έργα κλασικών συνθετών, καθώς και προσωπικές του συνθέσεις, με ερμηνευτές τους Σταμάτη Κραουνάκη, Ελένη Τσαλιγοπούλου, Μάρκο Κούμαρη (τραγουδιστή και τραγουδοποιό των “Locomondo”) και Γεωργία Νταγάκη. Το άλμπουμ παρέμεινε για εβδομάδες στο top5 των επίσημων charts της Ελλάδας.
Το 2016 θα περιοδεύσει σε όλη την Ελλάδα και το εξωτερικό ερμηνεύοντας τα κομμάτια του άλμπουμ Με τη μαγεία της κιθάρας. Παράλληλα θα συναντηθεί επί σκηνής με τον Σταμάτη Κραουνάκη, παρουσιάζοντας τη μουσική παράσταση Μυστική Συνάντηση.